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論文 【 表示 ／ 非表示 】
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Metagenome-assembled genomes of three Hepatoplasmataceae provide insights into isopod-mollicute symbiosis
Satoshi Kawato, Reiko Nozaki, Hidehiro Kondo, Ikuo Hirono , 2024年02月
Access Microbiology , 2024 (6) , 000592.v3
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Integrase-associated niche differentiation of endogenous large DNA viruses in crustaceans
Satoshi Kawato, Reiko Nozaki, Hidehiro Kondo, Ikuo Hirono , 2023年12月
Microbiology Spectrum , 12 (1) , e0055923
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Evolutionary genomics of white spot syndrome virus
Satoshi Kawato and Risako Omine and Shinnosuke Teruya and Hirofumi Kubo and Shinya Yasumoto and Masakazu Kondo and Yukinori Takahashi and Reiko Nozaki and Hidehiro Kondo and Ikuo Hirono , 2023年08月
Fisheries Science
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Genome sequence of Chionoecetes opilio bacilliform virus, a nimavirus infecting the snow crab Chionoecetes opilio
Satoshi Kawato, Shoya Fujishima, Reiko Nozaki, Hidehiro Kondo, Tadashi Isshiki, Ikuo Hirono , 2023年03月
Archives of Virology , 168 (3) , 101 - 101
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Genome and transcriptome assemblies of the kuruma shrimp, Marsupenaeus japonicus
Satoshi Kawato and Koki Nishitsuji and Asuka Arimoto and Kanako Hisata and Mayumi Kawamitsu and Reiko Nozaki and Hidehiro Kondo and Chuya Shinzato and Tsuyoshi Ohira and Noriyuki Satoh and Eiichi Shoguchi and Ikuo Hirono , 2021年08月
G3 Genes|Genomes|Genetics
科研費（文科省・学振）獲得実績 【 表示 ／ 非表示 】
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研究期間: 2026年04月 - 2030年03月 代表者: 二羽 恭介
基盤研究(B) 研究分担者 26K01809
本研究では、ノリの自家受精を防ぎ、確実に種内・種間交雑が行えるようにするため、雌雄異株とされている種で上下分離型雌雄同株のノリが存在するのかを明らかにし、ゲノム情報を利用して交雑確認・性判別用のDNAマーカーの開発を行う。また、温暖化に対応した新たなノリ栽培種の創出を目指して、現在の栽培種であるスサビノリに比べて高水温耐性を持つ南方系野生ノリなどを用いて種内・種間交雑によるハイブリッド育種に取り組む。
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進化系統学的分類を用いたStx2f非産生E. albertiiの病原性の解明、及び流行状況の把握
研究期間: 2024年04月 - 2027年03月 代表者: 平井 晋一郎
基盤研究(C) 研究分担者 24K13453
Escherichia albertiiは近年に定義された下痢原性細菌であり、Shiga toxin（Stx）2f非産生E. albertiiの病原性はあまり分かっていない。Stx2f非産生E. albertiiは無症状者から頻繁に分離される反面、一部の感染者が重い消化器症状を示すことから、高病原性菌株の存在が示唆される。過去の研究において、1つの菌種を進化系統学的集団（PG）に分類した後、PG間の病原性を比較することで、高病原性の菌株の特定に成功した例がある。本研究では、PG分類を用いてStx2f非産生E. albertiiの病原性を解明し、及び我が国における高病原性菌株の流行状況を把握する。
Stx2f非産生Escherichia albertiiの高い遺伝的多様性を有する菌株集団の構築を行った。当初は、全国の感染例由来菌株に加え、既収集の野鳥、豚、環境試料由来の菌株を対象に、パルスフィールドゲル電気泳動法によるクラスター解析を実施し、250菌株を選定する計画であった。しかし、交付額が申請額を下回ったため、対象を74菌株に絞り込んだ。
今後、これらの菌株に対して全ゲノムシーケンス（WGS）を実施し、得られた配列データを用いて、一塩基多型解析による進化系統学的集団（PG）への分類に加え、in silicoでMulti Locus Sequence Typing及びPCR Binary Typingを行う予定である。E. albertiiは未解明の遺伝情報が多いため、病原因子のアノテーション等においては、ショートリードよりロングリードの方が解析精度に優れると判断し、Oxford Nanopore Technologiesによるロングリードシーケンシングを導入した。現時点で53菌株のシーケンスを完了しており、残る25菌株についても順次WGSを実施し、得られたデータの初期解析に着手している。また、次年度以降のWGS解析に備え、Linuxベースのバイオインフォマティクス解析環境の整備を進めている。
研究2年目途中までにWGS及び遺伝子型別等によるPG分類を完了させる計画であるが、1年目にWGSの対象となる菌株の解析を終えられなかった。遅延の原因として、ロングリードシーケンスの実施経験がなかったため、安定して質が良いデータを得るまでに試行錯誤を要したためである。
研究の進捗は大きな遅れではないため、基本的には当初の計画通りに遂行する。
【令和7年度】残りの25菌株のE. albertiiについてロングリードシーケンスを行う。その後、本研究で得たデータ及び公共のデータベースから取得したデータを用いて、core genome上のSNPを抽出する。また、in silicoでMulti Locus Sequence Typing及びPCR Binary Typingも実施し、この結果にSNPセットを合わせて集団遺伝学的解析することで、高精度のPG分類を行う。次に、WGS解析した78菌株について、細胞致死膨化毒素のmRNA発現量の解析、さらにワックスワームへの毒性評価により、各PGの病原性の差異を評価する
【令和8年度】令和7年目までの成果を基に、各PGに特異的なSNPを幾つか選び、amplification refractory mutation system PCR法を設計する。全ゲノムデータのアノテーションにより、各PGが特異的に持つ遺伝子の組合せを特定し、それらを同時に検出するmultiplex PCR法を開発する。これにより、全国の地方衛生研究所における迅速かつ簡便なPG分類の実装を可能とする体制を整備する。 -
日本で流行するブタインフルエンザウイルスのヒト感染リスクに関する研究
研究期間: 2024年04月 - 2025年03月 代表者: 川戸 智
若手研究 研究代表者 24K20208
IAV-Sの抗原性の多様性に着目した疫学的研究が世界各地で行われてきた。IAV-Sはしばしば抗原性がヒト季節性IAVとかけ離れており、ワクチン接種や既往感染で獲得された免疫を回避しヒトで流行する恐れが指摘されてきた。しかし、それらのIAV-Sがヒト細胞に感染した際どのような挙動を示すか実際に解析した例はほとんどない。本研究は、IAV-Sがヒト細胞で実際に効率的に増殖できるのか、そして増殖できないとすれば増殖サイクルのどの段階が障壁となっているのかを実験的に検証する。これによって、IAV-Sのパンデミックリスク評価の具体化と精緻化のための基盤情報を提供する。
現在日本国内で流行するブタインフルエンザウイルスを取得するため、東京都内の屠畜場へ出荷された成体ブタの咽頭－器官サンプル計140個体分を取得し、A型インフルエンザウイルスの保有状況をリアルタイムPCRによってスクリーニングした。咽頭と器官上部からそれぞれスワブ検体を作製し、ウイルス輸送用培地に懸濁した。遠心分離して夾雑物を取り除いたのち、分注して-80℃で保存した。4か月にわたりサンプリングを行い、140個体中2個体でA型インフルエンザウイルスが検出された。なお、研究代表者が他機関へ転出したため、本研究課題は中止となったが、今後は国立感染症研究所においてMDCK細胞を用いた分離・培養を試みる予定である。得られた分離株の遺伝子解析や病原性評価を行うことで、ヒトへの感染可能性や抗原性変異に関する知見が得られると期待される。